隨著北京局勢逐漸平穩，中國政府開始進行大規模的秋後算帳，6月8日發佈的三項《通告》為大搜捕開啟了序幕。

9日，公安部發佈《要求嚴密監控動亂分子的緊急通知》，各地公安部門開始全面搜捕學生領袖和參與活動的市民。《東方日報》報導，當日至少有5部滿載士兵的軍車開進北京的大學區海淀，武警在各主要路口設置檢查站，多數人認為軍警在海淀區內大舉搜捕學生，並企圖毀滅軍隊血腥鎮壓的罪證。不過，由於北京高校學生採取「空校運動」，因此留在學校的學生並不多。另外，位於建國門附近的中國社會科學院也被軍隊包圍，不准任何人入內。

10日，北京市公安部門表示，公安幹警在戒嚴部隊群眾的協助下，已逮捕400多名「在反革命暴亂中參與打砸搶燒殺的暴徒，『高自聯』和『工自聯』的有些頭目已被緝拿歸案，一些潛逃的暴徒也紛紛落網。」據吳仁華《八九天安門事件大事記》記載，天安門城樓旁的勞動人民文化宮成為戒嚴部隊臨時大監獄，關押大量在清場過程中和清場後拘捕的學生民眾，軍人們被當局煽動起仇恨，對被捕者不分青紅皂白地毒打，許多人受傷致殘。

同日，上海官方新聞也宣佈，歷經數日搜捕，有130人因涉及「散播謠言、毀壞交通和破壞通訊」而被警方扣留，而「上海工人自治聯合會」9位頭目亦被抓獲。

參考資料：東方日報、大公報、《八九中國民運見證報告專輯》、《中國六四真相》、《歷史的大爆炸：六四事件全境實錄》、《八九天安門事件大事記》