5月19日，趙紫陽向政治局請假，逐漸從政壇引退。5月28日，他的秘書鮑彤被捕，送入秦城監獄，自該日起，中央對於趙紫陽的看管更加嚴格，趙紫陽真正開始了他長達16年、至死未休的軟禁生活。

28日，趙紫陽曾致信鄧小平，向其解釋他同戈爾巴喬夫會面時提出「鄧目前仍然是中共最高決策者」的說法。他表示，因鄧小平名義上僅是軍委主席，此番講話是意欲維護鄧的形象，未有傷害之心。然而此信送出後未有回音。

趙紫陽在其軟禁期間秘密寫下、送出的回憶錄《改革歷程》中，指其軟禁生活是從1989年6月開始。六四鎮壓後，中央於6月23日至24日召開中共十三屆四中全會，會上印發了大量資料，影射趙紫陽是國內外反動力量要顛覆中國共產黨、打倒鄧小平的預謀者，並通過了《關於趙紫陽同志在反黨反社會主義的動亂中所犯錯誤的報告》，撤銷其中共總書記、中央軍委第一副主席、政治局常委、委員等職務，僅保留黨籍。此後，趙紫陽持續受到冗長的審查，出行、會客皆被嚴格限制，直至2005年他因病逝世。

1992年，中共對趙紫陽為期3年的「黨內審查」不了了之，趙紫陽軟禁生活短暫鬆動。此時，前國家新聞出版署署長、黨內開明派輿論陣地《炎黃春秋》雜誌社社長杜導正與趙恢復往來，成功說服趙以問答錄音的方式留下回憶錄。六四20周年前夕，38卷錄音磁帶內容集結成書，由鮑彤之子鮑樸所創辦的香港新世紀出版社翻譯出版中英文版本，即「Prisoner of the State - The Secret Journal of Premier Zhao Ziyang」及《改革歷程》。

參考資料：《改革歷程》、《中國六四真相》、《李鵬六四日記》